Sa forme actuelle a été consacrée par Monseigneur Auguste de Forbin de Solliés, évèque de Toulon, le 3 juin 1634, bien que l'édifice ait été ouvert au culte en 1614.

Dès 1962, les fondateurs de l'Association "Les amis de la Collégiale Saint-Pierre et du vieux Six-Fours" (dirigée par François JOUGLAS) décidèrent de redonner vie à cet édifice et d'engager des fouilles qui vont se révéler d'une importance capitale : ils vont découvrir dans la partie romane, à l'opposé de l'autel primitif, un puits ou "baptistère" du Vème ou VIème siècle, des fragments de poterie, des pierres de dallage, différentes pièces de monnaie, des médailles religieuses ainsi qu'une grande quantité d'ossements. Dans la partie Est, un caniveau qui passait sous l'église primitive et une abside semi-circulaire de 5.5m de diamètre reposant sur un mur plus grossier, vestige d'un bâtiment paiën plus ancien.
Vous pouvez apercevoir, de part en d'autre de l'entrée, une grande partie de ces fouilles qui rappellent l'histoire de la collégiale et de l'ancienne agglomération fortifiée de Six-Fours dont une pierre en calcaire précise que sa datation remonte à 368 (CCCLXVIII).

Les abbés de l'auguste abbaye de Saint Victor à Marseille créèrent des prieurés dans tout le pays de langue provençale. Il recevaient en échange des dons des différentes communautés. Des documents datés du XIème siècle (an 1035) font mention des droits de paroisse à Six-Fours dépendant de ladite abbaye.
L'église Saint Pierre a été érigée en collégiale le 19 novembre 1648 par le Cardinal de Lyon Antoine de Richelieu, puis confirmée par une bulle du Pape Innocent IX  en 1654. La collégiale se composait de onze chanoines et d'un doyen. Cette distinction montre l'importance de Sex-Fors. A cette époque, La Seyne et Saint Mandrier appartenaient à la commune. Ils s'en détacheront en 1657 sous Louis XIV.

Prosper Mérimée, inspecteur des monuments historiques, procéda au classement de ce monument digne d'intérêt en 1840.

Quelques-une des mombreuses oeuvres d'art  et tableaux de la Collégiale Saint Pierre  :

Aujourd'hui, le culte est célébré lors de quelques solennités religieuses (messe de minuit, fêtes pascales, fête votive dédiée à Saint Pierre ...)

Avec ces événements religieux, des concerts animent ce lieu de mémoire.